本发明公开了一种基于高通量测序检测丛枝菌根真菌的引物及检测方法，包括以下步骤：以待测植物或土壤样本的基因组DNA为模板，由引物一和引物二连接高通量测序通用引物接头后进行PCR扩增，PCR扩增产物纯化后进行高通量测序，将测得的原始序列经过处理得到Cleandata序列，与具有明确注释信息的丛枝菌根真菌28SrRNA参照序列相应的区域进行Blast比对，通过设置比对的相似度和覆盖率，筛选出与参照序列具有较高相似度的序列等；本方法可以灵敏地检测出土壤样本中的丛枝菌根真菌孢子和植物中的丛枝菌根真菌菌丝体，并可以使丛枝菌根真菌在属的水平上得到更好的注释，既可以进行定性分析也可以进行相对定量分析。
1.一种基于高通量测序检测丛枝菌根真菌的检测方法，其特征在于，包含以下步骤： 步骤1：以待鉴定植物或土壤中的DNA为模板，用 引物一：5’-CCGCTGAACTTAAGCATATC-3’ 引物二：5’-AGCTGCAWTCCCAAACAACT-3’ 连接适用于高通量测序的通用接头后进行第一轮PCR扩增，得到两端带通用接头的一轮PCR产物；以一轮PCR产物为模板，用PCR产物的5’端带测序接头和index的通用引物进行二轮PCR扩增，得到两端带测序接头和index序列的二轮产物； 步骤2：对所述二轮PCR扩增产物纯化后进行高通量测序，将高通量测序所得的数据Rawdata经过处理转化为Cleandata； 步骤3；将Cleandata中的序列与具有明确注释信息的丛枝菌根真菌28SrRNA相应的序列进行比对，通过设置比对的相似度大于等于97%和覆盖率大于99.6%，小于100.4%，筛选出在这个条件下的序列，将筛选到的序列与相似度最高的丛枝菌根真菌参照序列在NCBI中进行一对一的Blast比对，得出用于注释的e-value； 步骤4：根据相似度，覆盖率和e-value将筛选到的序列注释到属一级，从而实现样本中丛枝菌根真菌的检出和鉴定。
2.根据权利要求1所述的基于高通量测序检测丛枝菌根真菌的检测方法，其特征在于：所述PCR扩增的体系为：Pusion Hot start flex 2X Master Mix 12.5μl，Forward Primer2.5μl，Reverse Primer 2.5μl，Template DNA 50 ng，加ddH2O至25μl。
3.根据权利要求1所述的基于高通量测序检测丛枝菌根真菌的检测方法，其特征在于：所述PCR扩增的反应条件为：98℃预变性30秒；然后按照下列参数进行循环反应：98℃变性10秒，54℃复性30秒，72℃延伸45秒；循环35次；循环反应结束后在72℃保持10分钟，将得到反应产物在4℃保存。
4.根据权利要求1所述的基于高通量测序检测丛枝菌根真菌的检测方法，其特征在于：所述丛枝菌根真菌的检测范围包括以下属：Gigaspora、Dentiscutata、Scutellospora、Racocetra、Rhizophagus、Glomus、Kamienskia、Dominikia、Funneliformis、Septoglomus、Acaulospora、Sacculospora、Pacispora、Diversispora、Otospora、Redeckera、Corymbiglomus、Claroideoglomus、Ambispora、Archaeospora、Palaeospora。
5.根据权利要求1所述的基于高通量测序检测丛枝菌根真菌的检测方法，其特征在于：所述步骤2中的纯化方式为过柱纯化，乙醇/醋酸钠纯化，SAP-Exon I纯化方式中任意一种方式。
6.根据权利要求1所述的基于高通量测序检测丛枝菌根真菌的检测方法，其特征在于，所述引物二中的W为简并引物，该位点A和T等比例混合，其比例为1：1。
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