本发明公开一种光伏发电并网联络线纵联保护方法及系统,方法包括:判断三相中的某一相电流突变量是否满足第一条件或零序电压是否满足第二条件;若三相中的某一相电流突变量满足第一条件或零序电压满足第二条件,则启动纵联保护,并延时选取预设时间段的数据窗,按相分别计算联络线光伏侧和联络线系统侧的电流之和、电压之和;对各相联络线光伏侧和联络线系统侧的电压之和进行零序补偿后求取其导数,并基于各相联络线光伏侧和联络线系统侧的电流之和计算各相相关系数;将计算得到的各相相关系数与整定门槛值进行比较,并基于比较结果执行相对应的保护动作。实现了在不同故障位置发生不同故障类型情况下,均能准确动作。